【2025年版】会計ソフト比較｜マネーフォワードクラウドとfreee・弥生を“バックオフィス目線”で選ぶ

会計ソフトを導入したいけれど、「どれを選べばいいかわからない」。
この悩み、バックオフィス担当者なら誰もが一度は通る道です。

この記事では、会計ソフト 比較 マネーフォワードクラウドというキーワードを軸に、人気の3製品——マネーフォワードクラウド、freee会計、弥生会計オンライン——を“現場運用者の視点”から徹底比較します。

特に従業員10〜20名規模の企業で、「経理・労務を1人で回している」「インボイスや電子帳簿保存法対応に追われている」方にこそ、読んでほしい内容です。

現場が止まらない“実務設計”を重視するならマネーフォワードクラウド

結論から言えば、バックオフィス全体の連携・一元化を重視するなら「マネーフォワードクラウド」が最も実務に向いています。

freee会計は個人事業やベンチャー初期に強みがあり、弥生会計は会計事務所との親和性が高い一方で、日々の業務を“まとめて楽にする”点ではMFクラウドが一歩リードしています。

理由を順に解説していきましょう。

理由①：連携できる範囲が圧倒的に広い

会計ソフト導入で最も工数削減効果が高いのは、自動連携による仕訳作業の削減です。

マネーフォワードクラウドは、銀行口座、クレジットカード、ECサイト、交通系IC、さらにはクラウド請求書や労務ソフトまで、連携対象が業界最多クラス。

たとえば楽天銀行＋Amazonビジネス＋Squareを利用している企業なら、入出金・売上・経費を一括で取得可能。記帳・消込・証憑管理が自動化され、単純作業を約60〜70％減らすことができます。

freeeもAPI連携が得意ですが、仕訳ルールや証憑整理のカスタマイズ性ではMFクラウドが柔軟。弥生は会計処理が堅牢な反面、クラウド連携はやや限定的です。

理由②：会計だけでなく勤怠・給与・請求まで一元化できる

バックオフィスが「分断」されていると、どこかで二度手間が発生します。
マネーフォワードクラウドの最大の特徴は、会計・勤怠・給与・経費・請求が1つのIDで統合管理できることです。

月末の勤怠締め→給与計算→仕訳反映まで、Excelを介さずに自動でデータが流れます。これにより、月末処理を“人が待たなくていい”状態にできます。

freeeも一元管理をうたっていますが、給与や勤怠は別料金・別画面のことが多く、社内承認フローを整えるには追加設定が必要です。弥生会計は単体完成度が高い分、労務・給与まで拡張する場合は他システム連携が前提になります。

理由③：インボイス・電子帳簿保存法対応が標準搭載

2025年にかけて大きなテーマとなるのが、インボイス制度と電子帳簿保存法への完全対応です。

マネーフォワードクラウドでは、受領した請求書の自動分類・保存・検索が標準で可能。クラウド上で電子取引データを保管できるため、紙の原本を保管する必要がありません。

freeeは電子帳簿保存法対応を追加オプション化しており、弥生は専用アプリ連携が必要です。この差が地味ながら、長期的な運用コストとリスクを分けます。

具体例：導入した企業の1か月の変化

実際に、都内ITスタートアップ（従業員12名）でExcel＋紙帳簿からマネーフォワードクラウドに移行したケースを紹介します。

• 仕訳の自動登録率：62％ → 93％
• 月次決算完了までの日数：9日 → 3日
• 経理担当者の残業：月15時間 → 5時間未満

特に大きかったのは、社内の「見える化」が進んだこと。請求書や支払予定がリアルタイムで共有され、経営者が資金繰りを把握しやすくなりました。

freeeや弥生では個別機能で対応できますが、部門・プロジェクトごとの可視化はマネーフォワードのダッシュボードが最も使いやすい印象です。

他社との比較まとめ

価格だけ見れば弥生が最安ですが、法改正対応・自動化範囲・将来的な拡張性を含めると、コスパはマネーフォワードが最も高いといえます。

マネーフォワードクラウドのデメリット（正直レビュー）

良い点ばかりに見えるマネーフォワードクラウドですが、注意点もあります。

• 初期設定がやや複雑（勘定科目・部門・仕訳ルール設計に時間）
• カスタマイズ性が高い分、最初に構造を考えないと後で直すのが大変
• サポートがチャット中心で即レスは少なめ

ただしこれは裏を返せば、“本気で業務設計したい企業に最適”ということ。初期設定さえ乗り越えれば、運用はむしろ楽になります。

乗り換えのコツ：失敗しない導入手順

導入時に失敗しやすいポイントは、データ移行と社内運用ルールの整備です。

1. 現状把握： Excel・紙帳簿・勤怠データの棚卸し
2. ルール決め： 仕訳ルール、部門コード、承認フローの設計
3. 初期設定： 銀行・カード・勤怠アカウント連携
4. テスト運用： 1か月間は旧運用と並走
5. 完全移行： 翌月から新ルール一本化

このステップを守れば、混乱なく移行できます。マネーフォワードクラウドはデータCSV移行ツールが充実しており、他社ソフトからの乗り換えもスムーズです。

業務を“止めない設計”が、これからの会計ソフト選び

freeeや弥生が「会計ソフト」を提供しているのに対し、マネーフォワードクラウドは“バックオフィス全体を設計するツール”です。

単に仕訳を自動化するだけでなく、勤怠・給与・請求までの流れを整える。
その結果、「担当者がいなくても会社が止まらない」仕組みをつくれます。

まずは無料トライアルで、あなたの会社の銀行やカードを接続してみてください。
10分後には「これまでの入力作業は何だったのか」と感じるはずです。

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